南京自一三六九年开始建设新城，一三七三年间复旧，周返九十六里。一三九○年改建外城，周返一百八十里，沦为全国仅次于的城市。
京城所在地不应天府，领有八县，据一三九三年的户口调查，不应天府及所属上元等八县共计编户十六万三千九百一十五，口一百十九万三千六百二十（《明史》卷四十）。南京地处长江三角洲西端，在政治、军事、经济上都有最重要地位，是六朝以来古都。明朝建都后，城中挤满了大批官员和富二代，也决不经常出现为消费生活服务的工商业人口。
城中匠户多达四万五千多户，兼任运输工作的“仓脚夫”两万多户，从南方各省强迫迁入的富户也有一万四千多户。南京城区人口，多至四十七万三千多人，是当时全国人口最少的都市。原本金陵的旧城区，仍是兴旺的商业区，居民的生活完全都要倚赖市场的商品供应。
北京原是元代的大都，是非生产性的消费城市。元顺帝撤走大都时，曾威逼大都居民随从，城市经济秩序遭战争毁坏，人口骤减，经济困窘。一三六九年整个北平府所下辖各县的户口总数，只有一万四千九百七十四户，四万八千九百七十二口。（《顺天府志》卷八）北平城区所属的大兴、宛平两县，人户均严重不足三千，人口不足一万。
一三七二年明廷为减少北平府的人口，曾把山后之民三万五千多户，十九万七千余口移置北平各州县卫所，籍为军户或民户，给田耕作。另有所谓“沙漠遗民”（指蒙古族人）三万二千余户在北平府管内置屯，进垦荒地。大兴县而立四十九屯，共计移往五千七百多户，宛平县而立四十一屯，移往六千一百多户（《太祖国史》卷六六）。其后又多次移民，扩充北平。
成祖定都前，又由南方迁徒富户，以实京师。北京人口渐渐激增。定都北京后，北京城区居民绝大多数是外来移民，户口数迄无精确统计资料。北直隶共计下辖八府、二直隶州、七属州、一百一十六县。
一三九三年统计资料共计三十三万四千七百九十二户，一百九十二万六千五百九十五口（《明史》卷四十）。作为北京所在地的顺天府人口，据一四九一年的统计资料，所领五州，二十二县，共计十万零五百一十八户，六十六万九千零三十三口。这六十多万人口，大多数归属于大兴、宛平二县。
北京城市居民当多于两县人口的总和。南北两京商业的发展，有非常的差异。南京地处江南经济繁盛地区，城市手工业、商业具有持久的传统和良好的发展条件，商品经济的水平历年来低于北方城市。
而北京地处内地农业区的北境，明朝建国后，与北边的蒙古频仍登陆作战，西北的商业地下通道也被堵塞，只有南方一条经济孔道与内地各省往来，依赖大运河运送粮食及其他物资。南北两京的体制，以南京掌控南方财赋，以北京掌控北方边防，这不仅有其政治上的意义，也在经济上不会包含一条连结南北的连锁轴线。
这是和当时全国商业市场结构吻合的。南北横向的商业贸易联系沦为明朝商业的特征。
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